饰演工藤新一的是小栗旬。解开许多疑难案件、做出诸多精彩推理的高中生侦探工藤新一引发了媒体注目，警视厅的目暮警部也很敬佩他。此时新一的学校决定进行3天的修学旅行。然而，在那前一天，新一收到了写有在修学旅行中，会绑架你的某位同班同学”内容的挑战书。同时上面还有，如果能够守护同学的话就算你赢。如果不能，就请归还‘高中生侦探’之名。提示是船上。”旅行的第一天，开始了1小时的湖面巡游。

在游览船上乘坐的除了新一班上的30名学生，还有临时代理班主任的老师北岛慎吾、导游西田麻衣、以及船长东邦夫和船员南田恭介。这时小兰的好友园子晕船了，到船内的休息室休息。可是不久听见了啪嚓”这样猛烈的水声，船上一片哗然。新一等人马上跑进休息室，并没有园子的身影，和任何争执的痕迹。

该案由县警调查本部调查负责人多摩川刑警推进调查会议。因为园子是铃木财阀的女儿，所以认为索要赎金的可能性很高。学生们被困在现场附近的宾馆中。极其担心园子的事的小兰，向在侦探事务所的父亲毛利小五郎求助。这时，犯人大胆地打来了明日正午时分，会带走另一个人”的第二次绑架的预告电话。新一全班在宾馆大厅集合，封锁全部出入口，并在多摩川刑警的指挥下，县警严密警戒迎来犯罪的时刻。随后在紧张的氛围中来到了正午，突然宾馆停电了。虽然马上就恢复了，新一身旁的小兰却消失了……